《虫之歌》中的虫是一种异型怪物，在给予这些附虫者（虫凭き）超能力的同时，作为代价给附虫者带来了世人的恐惧和憎恨，乃至要被从社会上抹杀的境地。故事要从高校生药屋大助在转校初日与一个名为杏本诗歌的少女相遇开始。可事实上诗歌是从收容附虫者的极秘组织GARDEN中出逃的逃亡者。而负责将附虫者从世间抹杀的政府机关特别环境保全事务局简称特环派出了杀手追杀诗歌……而虫的特性在赐予附虫者超能力的同时会吞噬宿主的梦境，而将宿主的梦境吞噬干净之后就是宿主的死期。那最终大助与诗歌最终的命运是？
