AS篇中的事件之后10年，为了管理拥有足以动摇世界存在力量的危险技术太古遗产，时空管理局成立了新的部队「古代遺失物管理部·機動六課」（由前代主角奈叶 菲特 疾风等精英组成），某日，两位新成员昴和蒂安娜的加入成为了新故事的起点。在搜索古代遺失物「圣遗精石」的任务中「機動六課」遭遇了未知無人戦闘機械「ガジェットドローン」的伏击，事件也由此为起点急剧加速，直至发展成为了危机整个次元世界全体的危机……
