《伊波拉病毒》与《人肉叉烧包》应该是一脉相承的。因为跟一个黑社会老大（成奎安饰）的女人偷情，东窗事发后，黄秋生为求自保，将成奎安及他的女人一起杀掉，并焚尸灭迹。
之后，黄秋生办了一个假护照，潜逃到了在非洲某小国开餐馆的表哥家。表哥开的是中餐馆，专卖叉烧包，为了寻求更便宜的猪肉，黄秋生与表哥去某原始部落采购生猪。结果，在采购途中黄秋生强奸了病倒在湖边的部落妇女，他不知道，该妇女已经感染了可怕的伊波拉病毒。
接下来的情节，几乎就是《人肉叉烧包》的翻版了，表嫂厌恶黄秋生的好吃懒做，黄秋生则见色起意，强奸了表嫂，并顺势杀掉了表哥，然后将尸体剁成肉馅，做成几笼叉烧包，最后再将餐馆卖掉，重新返回香港。
也不知道是幸运还是不幸运，尽管黄秋生感染了伊波拉病毒，但由于体内天生具备病毒抗体，他的病没能发作。不过，凡是与他有过亲密接触的人，都感染上了病毒，且最后都病发身亡。
于是，为了防止黄秋生四处传播疾病，世界卫生组织与香港政府联合开始了搜索行动，希望能在最短时间内找到黄秋生。而这时候的黄秋生，对于自己所带病毒的情况一无所知，嫖妓、找老情人约会、在大街上吐痰、在服装店打喷嚏……
最后，黄秋生到底还是从茫茫人海里给纠了出来，但丧心病狂的他却不肯投降，最终被一场大火给烧死了。
